Moldova este renumită la fel şi prin mănăstirile rupestre de unicat întemeiate în peşterile naturale sau în cele făcute de mâna omului. Locaşurile aflate pe vârfuri de stâncă prezintă interes pentru turişti, dar şi pentru cercetători pentru că încă ascund o mulţime de taine. Savanţii presupun că în Moldova ar putea exista cu mult mai multe mănăstiri rupestre decât se cunoaşte în prezent. Pe lângă cele renumite de la Ţipova (raionul Rezina), Saharna (raionul Rezina), Butuceni (raionul Orhei), Japca (raionul Floreşti) , mai există câteva – la Cosăuţi (raionul Soroca), Călărăşeuca (raionul Ocniţa), Molovata (raionul Dubăsari), în oraşul Soroca etc., doar că acestea nu au fost cercetate sau vestigiile care atestă sălăşluirea monahilor acolo au fost pierdute. Vizitarea unei mănăstiri rupestre vă asigură impresii de neuitat, or acolo vă veţi puteţi familiariza cu o cu totul altă viaţă, cea din vremuri demult apuse.

Butuceni

În satul Butuceni (raionul Orhei) care este parte componentă a Complexului istorico-muzeal „Orheiul Vechi” se află o mănăstire de unicat ascunsă în stânca ce se înalţă falnic deasupra Răutului. 
De la zidurile mănăstirii întotdeauna adie frigul. Chiar şi pe arşiţă aici oricum este răcoare. Practic recent mănăstirea a fost restaurată, aici au fost instalate balustrade şi o uşă de piatră. În locaş a fost amenajată o
biserica unde permanent ard lumânări şi se află oameni. Din biserică există o trecere spre o ieşitură în stâncă de unde se deschide o privelişte fascinantă. 
În zilele noastre mănăstirea este locuită. Acolo sălăşluieşte monahul Efim (până a se călugări acestaavea alt nume, Nicolae Babici). Acesta se îngrijeşte de ordinea din biserica rupestră ce funcţionează, răspunde la întrebările vizitatorilor. Doar când se lasă frigurile iernii schimnicul pleacă să înnopteze în mănăstirea de pe stâncă. 
Savanţii mai polemizează vizavi de perioada când a fost întemeiată mănăstirea rupestră. Unii afirmă că aşezământul ar fi apărut în sec. ХII, iar în opinia altora – în sec. ХV. Cert este că locaşul a fost descoperit în 1821 când butucenenii au săpat în pământ un coridor de 20 de m ajungând până la biserică. Atunci locaşul a renăscut: deasupra intrării a fost ridicată o clopotniţă care şi în zilele noastre are menirea de a indica locul de aflare a bisericii în interiorul stâncii. 
În apropierea mănăstirii rupestre, la fel pe malul Răutului şi tot pe o stâncă abruptă, într-o peşteră, au fost depistate vestigii ale unui sfânt locaş situat aici pe timpuri. Din inscripţia dăltuită în piatră aflăm că mănăstirea a fost zidită la 1675 de către Bosie, pârcălabul (boier, administrator al unei cetăți sau al unei fortărețe) oraşului Orhei. Din alte surse, şi anume din hrisoavele moldoveneşti,
ar reieşi că mănăstirea exista aici şi mai devreme. 
Nu departe de clopotniţa ce se înalţă deasupra mănăstiri rupestre se află o altă mănăstire, una terestră. Pereţii bisericii cu hramul „Adormirea Maicii Domnului” construite în sec. ХIХ sunt vopsite într-un galben plăcut ochiului. Călugării de aici le povestesc turiştilor cu multă plăcere despre monumentul de unicat, Orheiul Vechi. 

Ţipova

Mănăstirea rupestră de la Ţipova (raionul Rezina) se înalţă pe malul stâncos al Nistrului. Acest aşezământ ortodox este cel mai mare nu doar din Moldova, dar şi din Europa de Est. Obştea monahală s-a constituit aici cu mult timp înainte de întemeierea statului feodal moldovenesc. Se presupune că unele dintre chilii ar fi fost săpate în stânca abruptă prin sec. X-XII. Celelalte, adică majoritatea încăperilor mănăstireşti, au fost amenajate pe la sfârşitul sec. XVII – începutul sec. XVIII, când jugul tătarilor a fost scuturat, iar călugării s-au mutat mai aproape de vârful stâncii. Anume atunci, în stânca de pe malul fluviului, au fost săpate în piatră o biserică nouă, clopotniţa, 15 chilii, trapeza (cuhnia) şi multiple încăperi unite între ele prin galerii şi treceri. Din 1776, începe perioada de înflorire a locaşului, iar mănăstirea se extinde. Biserica din stâncă a fost împărţită în încăperi mari separate prin coloane solide. 
În perioada sovietică mănăstirea a fost închisă şi distrusă. În 1974, ruinele mănăstirii rupestre Ţipova au fost luate sub ocrotirea statului, iar din 1994 aici au început din nou să fie oficiate serviciile divine. Se consideră că în acest locaş domnitorul Ştefan cel Mare s-ar fi cununat cu Maria Voichiţa. Potrivit altei legende, pe această stâncă şi-ar fi trăit ultimii ani din viaţă poetul mitologic Orfeu, iar osemintele acestuia, cică, zac în nişa unei cascade din defileu. 
Ansamblul mănăstiresc este format din două părţi săpate în piatră la înălţimea de 90-100 m. în total s-au păstrat 18 încăperi unite între ele prin scări, treceri interioare, terase şi balcoane. Un interes aparte prezintă biserica „Adormirea Maicii Domnului”. Locaşul cu pereţii tencuiţi este destul de încăpător. 
Pe locul unde se afla biserica „Sf. Nicolae” care nu s-a păstrat până în prezent arheologii au depistat două icoane vechi. Pe prima, cea cu chipul Maicii Domnului, a fost găsită o inscripţie în slavonă: „Această sfântă icoană a apărut pe stâncă în anul 1466 de la Naşterea lui Hristos, pe timpul vieţii episcopului Damian care a locuit în cetatea Basarabiei. Eu, episcopul Damian, am înălţat această icoană în biserica „Sf. Nicolae” pe care am construit-o în stâncă, mai jos de cetate, în timpul vieţii fiicei jupânului, stăpânul cetăţii, chiar Ştefan Toader Basarab, Maria, rămasă orfană la 18 ani şi devenită stăpână a cetăţii prin moştenire. Scris de mine, episcopul Damian în vârstă de 83 de ani”. Mănăstirea este deschisă vizitatorilor în fiecare zi.

Saharna

Nu se cunoaşte cu exactitate când a apărut mănăstirea rupestră din satul Saharna (raionul Rezina). Se presupune că prin secolele ХII-ХV. Locurile aici sunt extrem de pitoreşti. Coborând de la mănăstirea rupestră pe cărăruia şerpuitoare veţi ajunge la cascada cu apă cristalină. Lângă locaşul săpat în stâncă se află un izvor puternic. Apa acestuia este considerată tămăduitoare. Acum câţiva ani, lângă cişmea a fost construită o cristelniţă. Călugării au reuşit să supravieţuiască graţie pădurilor bogate, stâncilor, apei curate. Încăperile acestui aşezământ săpate în piatra se aflau în defileu, iar copacii le ascundeau de ochii duşmanilor. Natura prielnică salva astfel monahii de prigoană, iar mănăstirea de devastare. 
Întemeind locaşul în pereţii stâncilor călugării au construit lângă el şi o anexă, o faţadă-căsuţă. Peste ani, la 1776, 1857 şi 1992, anexa a fost renovată. 
Tot călugării care sălăşluiau în mănăstirea rupestră au înfiinţat şi un locaş terestru. Pe una dintre stâncile de aici poate fi văzută o urmă care, potrivit legendei, ai fi fost lăsată de Maica Domnului. Actualmente în acel loc se înalţă o capelă mică. Se spune că un călugăr din peştera  unde era schitul a avut o vedenie. Monahului i s-a arătat chipul sclipitor al Maicii Domnului. Ajungând la acea stâncă călugării au descoperit în piatră o urmă de picior. Ei au considerat acest semn o veste divină şi o mărturie a „purităţii divine” a locului. Mai târziu, în 1777, mai aproape de defileu a fost ridicată o biserică nouă de lemn şi a fost fondată mănăstirea „Sfânta Treime” care actualmente a devenit una dintre cele mai vizitate din Moldova. 
În zilele noastre aşezământul rupestru activează, însă aici nu locuiesc schimnici. Sunt oficiate doar serviciile divine în biserica din lemn. Trec pe aici şi turiştii curioşi să vadă miracolul. Mănăstirea rupestră este situată nu prea departe de cea „terestră”, la distanţa de aproximativ un km. Spre lăcaşul de pe stâncă duce o cărăruie pe marginile căreia este instalată o balustradă. 

Japca

Mănăstirea rupestră „Înălţarea Domnului” de la Japca este situată la nordul Moldovei, în raionul Floreşti, la distanţa de cca 160 km de Chişinău. Legenda spune că locaşul a fost fondat de ieromonahul Izechiil (originar din Lvov) care călătorea prin Basarabia. Dintr-un sentiment de compasiune pentru locuitorii din Japca care de răul invaziilor tătarilor nu-şi puteau construi o biserică obişnuită el le propune să edifice un aşezământ chiar în stânca cea mai apropiată de sat. Cu timpul, în preajma bisericii au fost săpate chilii, iar la schitul lui Izechiil a început să se adune o obşte de călugări.
Chiar de la întemeiere, în sec. XVII, mănăstirea semăna foarte mult cu o fortăreaţă. Prima atestare despre locaş datează cu anul 1693. Pe atunci călugării locuiau în chiliile din peşteră, iar slujbele aveau loc în biserica săpatăîn stâncă. Din 1770 aşezământul este situat pe locul unde se găseşte şi în zilele noastre. În acea perioadă demarează construcţia încăperilor gospodăreşti şi amenajarea locaşului. A fost fondat şi un depozit valoros de cărţi. La începutul sec. XIX aici sunt zidite biserici din piatră. Cea mai importantă biserică a mănăstirii a fost recondiţionată de trei ori. Actualmente aceasta dispune de trei altare – Înălţarea Domului, Schimbarea la Faţă a Mântuitorului şi Sfânta Cruce.
Este unica mănăstire din Moldova care n-a fost închisă în perioada sovietică. În locaşul din stâncă în prezent funcţionează o biserică. Serviciile divine nu sunt oficiate aici decât foarte rar, pentru că acces pe stâncă există doar de jos, de la mănăstire, drumul fiind destul de dificil pentru o persoanele fără pregătirea fizică corespunzătoare.